Không ít quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách do T.Ư quản lý đã bộc lộ hạn chế trong vận hành, hiệu quả sử dụng vốn chưa cao. Kiểm toán Nhà nước khuyến nghị sắp xếp lại đối với các quỹ này.